中心建立了学校及相关文科学院联席会议制度，建立了确保建设高水平实验室、稳定实验队伍的可持续发展的运行机制。管理措施得力，建设经费能及时、足额到位，经费使用合理。学校制定了《湖南师范大学本科教学实验室工作规程》、《湖南师范大学实验教学评估方案》、《湖南师范大学实验教学质量标准》、《湖南师范大学实验室工作人员管理办法》、《湖南师范大学实验室开放暂行办法》、《湖南师范大学大学生创新性实验项目管理办法》、《湖南师范大学大型设备有偿使用管理办法》、《湖南师范大学大型设备开放测试、维修基金管理办法》、《湖南师范大学大型贵重精密仪器设备管理实施细则》和《湖南师范大学大型设备使用效益考核办法》等。文科综合实验中心的管理严格按照国家和学校的管理办法执行，同时根据实验中心的实际情况，制订了一系列切实可行的管理制度。比如有实验中心各类人员岗位负责制、学生实验守则、仪器设备管理制度、仪器设备技术安全管理制度、仪器设备损坏丢失赔偿制度、实验室安全制度、开放性实验操作程序等。单价≥10万元的大型或精密仪器设备有验收记录、责任人和操作规程；单价≥800元的仪器设备要求填写使用、维修记录等。

已对实验中心实行计算机网络系统管理，内容包括：实验中心基本条件及建设（含仪器设备、实验室环境、卫生、规章制度等），实验人员队伍情况及建设，实验教学任务及课程安排，实验教学改革（含实验教学体制改革、实验教学计划及大纲修订、教材编写等），实验室及实验项目开放，实验教研活动，学生成绩管理等。